I Tomelilla kommun finns det sex huvudvattendrag som avvattnar området, Tommarpsån, Nybroån, Kävlingeån, Julebodaån, Kabusaån och Verkaån. Till vattendragen finns det sedan ett antal biflöden. Alla bäckar och åar i kommunen är väldigt näringsrika eftersom de innehåller höga halter av kväve och fosfor. Den främsta källan till de höga halterna är åkermarken.
Det arbete som sker med vattendragen drivs främst genom Nybroåns vattenråd, Österlens vattenråd och Kävlingeå-projektet.
De två största sjöarna i Tomelilla kommun är Tunbyholmssjön och Verkasjön. I övrigt finns det väldigt få sjöar i Tomelilla.
Strandskydd
För alla sjöar och vattendrag gäller strandskydd. Strandskyddet syftar till att bevara allmänhetens tillgång till strandområden och skydda växt- och djurlivet. Generellt är strandskyddet 100 meter från strandkanten men på vissa platser är det utökat till 300 meter.
